组织架构
中心实行理事会领导下的主任负责制。理事会由江苏省政府、南京市政府、南京大学等单位相关负责人构成。
理事会
理事会由市委市政府决定成立，是中心管理运行最高决策机构。理事会由省市有关部门、中心负责人以及业界专家等相关人士组成。
理事长
副理事长
常务理事
理事
韩立明
南京市委副书记、市长（时任）
吕 建
全国人大常委、中国科学院院士、南京大学校长
王 秦
江苏省科学技术厅厅长
王天琦
江苏省生态环境厅厅长
杨桂山
中国科学院南京分院院长
蒋跃建
南京市委常委、秘书长
张 俊
南京市人大常委会副主任
沈剑荣
南京市人民政府副市长
陆延青
南京大学副校长
赵 峰
长江生态环保集团有限公司董事长
赵克强
生态环境部南京环境科学研究所所长
李爱民
南京大学教授、扬子江生态文明创新中心首席科学家、副主任
方斌斌
江苏省环保集团有限公司董事长
包洪新
南京市人大常委会环境资源城乡建设委员会副主任（时任）
张新年
南京市委组织部常务副部长、市人才办主任
许 明
南京市发展和改革委员会主任（时任）
方 靖
南京市科学技术局局长（时任）
叶荣生
南京市工业和信息化局局长
黄玉银
南京市财政局局长
钱 锋
南京市生态环境局局长（时任）
程 军
南京市水务局局长
李 晖
南京市建邺区委书记、区长
李方毅
南京市紫金投资集团董事长
张春生
中国石化集团金陵石油化工有限责任公司董长
洪剑桥
中国石化扬子石油化工有限公司董事长
中心领导
李晖
党委书记
李爱民
首席科学家、副主任
杜新江
党委副书记
